新型碳源是給微生物提供能量的一種營養物質，被廣泛應用于污水處理中，是微生物生長代謝必不可少的營養物質。目前市場上常用的碳源包括甲醇、乙酸鈉、葡萄糖、新型復合碳源等。因不同微生物所產生的酶系不同，所以不同的微生物可利用不同的碳源。
在碳源選擇時首先要考慮供貨商是否有資質；其次，要看其供貨能力，由于碳源是污水處理過程中的消耗品，選擇具備連續的供貨能力的供應商，這一點可以避免在碳源使用過程中斷供帶來的麻煩；還有一點也要考慮，就是碳源的產泥率，因為產泥率高的會增加水處理的成本。
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